Por vezes as actividades humanas, nomeadamente os transportes de mercadorias e pessoas, provocam a proliferação de certos organismos (algas, gado, moscas, ratos) que se tornam patogénicos e nocivos para os habitats. O Homem introduz plantas ornamentais, animais domésticos e mesmo doenças nos ecossistemas capazes de destruir a fauna e flora nativas, pois não existem predadores naturais. Além disso, o controlo ou a erradicação de uma espécie introduzida invasora, como a acácia ou o jacinto-de-água, é complexo e oneroso.
Ocorre algo semelhante com a introdução de organismos geneticamente modificados, pois estes são criados não só com o intuito de produzir melhores alimentos mas também ser resistentes às pragas. Assim, para além de todos os potenciais inconvenientes dos organismos geneticamente modificados, um dos principais riscos para a biodiversidade é que por serem resistentes, e não terem predadores naturais, vão competir de forma desigual com as espécies já existentes podendo levar à sua obliteração. Contudo, a lei portuguesa não impede o cultivo de organismos transgénicos nas áreas protegidas.
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