Também no meio ambiente se fazem sentir os efeitos indesejáveis dos alimentos transgénicos. Primeiro, devido as suas características que os tornam resistentes a pragas, o que torna a competição com outras espécies desigual, acabando mesmo por faze-las desaparecer, bem como outras espécies inofensivas e benéficas, como abelhas e joaninhas, o que constitui uma grande e irremediável perda de biodiversidade.
Uma outra característica destes organismos e a resistência a herbicidas, o que supostamente seria uma vantagem, mas que se torna muito prejudicial, visto que há resistência a herbicidas, o seu uso torna-se muito mais intensivo e indiscriminado, o que se revela nocivo para outras espécies e ainda origina contaminação dos solos e consequentemente, poluição. Há ainda o risco de cruzamentos entre plantas transgénicas e plantas normais o que pode levar ao aparecimento de plantas com características anormais que podem transformar-se em “super-pragas”, sem predadores naturais e difíceis de controlar. Pode ocorrer ainda a transferência de genes entre organismos, nomeadamente genes de resistência a pesticidas, o que pode levar a criação de pragas resistentes a pesticidas.
Os OGM são ainda apontados como a solução para acabar com a fome no mundo devido aos baixos custos de produção. Mas o que é certo é que a comida que todos os dias é desperdiçada em nossas casas era mais que suficiente para acabar com a fome. Não existem poucos recursos alimentares, o que existe é uma muito má distribuição desses recursos.
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