Entre outros OGM, os que são mais polémicos e despertam mais atenção por parte dos consumidores são os alimentos transgénicos, dado que o Homem desconhece os efeitos que estes organismos têm sobre a saúde Humana e também sobre o meio ambiente. Um dos casos onde os organismos transgénicos são especialmente benéficos e úteis para o Homem é o caso das bactérias geneticamente modificadas utilizadas na produção de medicamentos como a insulina (primeiro medicamento geneticamente modificado aprovado pela FDA), o factor de coagulação para hemofílicos ou mesmo o factor de crescimento, entre outras proteínas.
Mas nem tudo são rosas, e os potenciais riscos destas técnicas residem na produção de alimentos transgénicos. Primeiro para o Homem, os alimentos transgénicos podem provocar alergias, quer em pessoas que já apresentavam hipersensibilidade a uma substância, como também em pessoas que não demonstravam qualquer tipo de alergia. Para além das substâncias alergénicas, podem ainda surgir substâncias tóxicas. Devido à ingestão de alimentos com resistência a determinado antibiótico, o ser Humano pode igualmente desenvolver resistências a antibióticos o que é prejudicial em casos de infecção por bactérias. Há ainda o risco de cancro devido à inserção de certos genes em determinadas regiões do genoma próximas de oncogenes (responsáveis pelo aparecimento de cancro).
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